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退稿在学术出版中是常见现象。即使是顶级研究者也有过被退稿的经历。多项同行评审研究对期刊退稿的原因进行了调查。下示为这些研究所得出的最常见的退稿原因：
1. 缺乏原创性、创新性或重要性：结果无概括性；所用方法因新技术出现已过时；扩展或复制已发表成果的二次分析未补充充实的专业知识；研究只是报告已为人所知的知识，而未将其扩展至新的地理、人群或文化背景而使知识具有创新性；非原创性、可预见性或无意义的结果；结果无临床、理论或实际意义。很多作者都喜欢引用“以前从未被研究过”作为解释其论文具有重要价值的原因。这样做不是很好；研究需要放在更广阔的背景中。作者应提供研究具有重要性的具体原因，例如：研究可影响某项具体的医疗措施，可影响特定的政策讨论，或可改变传统的理论或观点。
2. 与期刊不匹配：研究成果只针对期刊并不专门面向的极少数读者或专业读者；论文不符合期刊的规定目标或范围；研究课题不能引起期刊读者的兴趣；论文不符合期刊规定的格式（例如：将个案报告投递给明确说明不发表个案报告的期刊）。很多论文甚至在进行同行评审前就被完全退稿处理，其原因是论文不适合期刊的读者群或不符合期刊的目标和范围。解决方法也很简单：在决定投稿期刊前，花费一定的时间创建期刊名单并仔细斟酌自己的选择。
3. 研究设计存在缺陷：研究问题不当；回答研究问题的方法设计不当；所选方法无效或不可靠；选择与研究问题不符的不正确方法或模型；所选仪器不当或不达标。即使写得再好的论文也不能掩盖研究设计中的缺陷。事实上，这是在研究的初始阶段即在研究的构思阶段必须解决的一个基本问题。防止这种缺陷的最好方法是进行仔细的文献查阅，以确定适合自己研究的最好方法和做法。
4. 文字创作和组织差：方法说明不充分；研究的原理阐述不充分；论述部分仅重复结果而未进行解释；研究的原理阐述不充分；研究数据好像不支持结论；导言部分未确立研究问题的背景。作者在论文中 提供具有说服力和充足的论据非常重要。你应该通过论文表达使读者相信你的研究兼具完美性和重要性。
5. 论文准备不当：未遵守期刊对作者的规定；句子表达不简练明确；标题、摘要及/或投稿信无说服力；大量的粗心错误，如错误的文法或拼字；图表设计很差。非英语母语的作者通常面临另一个问题：同行评审员不一定能明确区分论文内容和创作风格。因此，即使是高质量的研究，其论文也可能会获得负面评价。但是，通过寻求英语母语的朋友或同事对论文进行审查或对论文进行专业的编校或排版，就可很容易地解决这类问题。
6. 与论文质量无关的退稿原因：期刊空间限制；同行评审员的水平和经验；投稿量越大的期刊退稿量也越大；期刊的决策策略（例如：某些期刊会拒绝所有需要进行重大修改的的论文，而某些期刊则在不能确定论文的质量的情况下重新进行一轮同行评审。）；期刊编辑在特定时间段内寻找特定主题的论文；刊收到多篇同一主题的论文。期刊退稿有很多原因。或因研究或论文的质量，或因可完全避免的原因：如与期刊不匹配。另外，期刊因空间限制或其它问题而拒绝高质量论文也不罕见。上述为期刊退稿的某些最常见原因，但未涵盖所有的退稿原因。其它原因还包括切香肠、不符合伦理政策及剽窃等。
