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随着SCI论文数字出版与传播的快速发展， 期刊的投稿方式已经发生了巨大变化。 目前， 国际一流SCI杂志基本都已采用了在线投稿方式。 常见的投稿系统有： ScholarOne Manuscripts， Editorial Manager， Elsevier Editorial System， EJPress， Open Journal Systems （OJS）， 等等； 也有些出版者倾向于自己开发投稿系统， 如美国物理联合会出版社（AIP）的Peer X-Press， 英国物理学会出版社（IOPP）的Author Service and Referee Service， 等等。 这些在线投稿系统虽然界面风格各有不同， 但总体功能十分相似， 极大地方便了编者、作者、审稿人之间的联系与沟通， 对于提高出版效率、降低出版成本具有非常重要的作用。在投稿时应注意的事项主要有：
1、应注意查询拟投稿期刊的最新要求， 以便在稿件的准备中尽早开始遵循期刊的习惯和格式。
2、 投稿时应严格遵循期刊的相关要求， 按规定的程序填写或添加投稿信息， 如投稿信、摘要、文件类型、辅助信息、图件、建议的审稿人等， 以满足期刊的要求。
3、Email地址必须准确， 有些期刊要求主要作者和通信作者有相互独立的用户名和密码， 并且主要是与通信作者进行投稿及投稿后的联系， 这也是在投稿时需要注意的。
4、在投稿系统注册以后作者便拥有自己的网页， 该网页通常分为几个区域， 如投稿、查询已投稿件的状态、继续已经开始的投稿、传送修改稿、已录用稿件的出版阶段等， 因此， 对于特定的期刊（群）， 应尽量保持自己唯一的用户名和密码， 以免导致混乱。
5、除了Email和FTP投稿形式需要一次性投稿外， 通过网页的投稿可以采取暂时保存的形式分多次完成投稿任务， 在最终递交稿件前， 投稿系统需要作者确认所有项目均已完成并且允许作者修改。 通常情况下投稿完成以后就不允许作者对已投的稿件进行修改， 除非编辑和出版商要求作者作某些修改。
6、投稿成功以后， 作者通常会收到一份来自编辑或系统的确认函， 作者可根据确认函提供的稿件编号跟踪稿件状态及进行投稿后的联系（如要求加快稿件处理速度）， 可通过投稿系统规定的渠道或Email与编辑联络。
SCI论文投稿过程应该怎么做，怎样跟编辑交流。
第一步：一篇论文投到国际SCI期刊后，editor（或Managing Editor、associate editor,甚至是editor in chief）会对稿件由一个初步的意见或结论。首先看论文的内容是否符合期刊的定位或scope, 比如一篇有关临床的case report论文投到了JBC，其下场是可以想像的，像这种情况，editor（我下面坚持用editor是由于我国不少报道将该词翻译为主编，事实上并非所有的期刊的editor都是主编的）就不用再浪费时间了，不用外审了，直接退稿，当然退稿信会简单解释原因，但都应该是通用格式，像这这种情况，作者不用太不爽，因为editor并不是拒绝你的数据和/或结论，下一步很简单：就是再找一个适合论文内容的期刊，再投。
第二步：如果论文是适合在该期刊发表的，接下来editor就会看下面两个问题：1)论文投稿是否完整，有没有缺少某些部分，图和表有无遗漏？； 2）投稿的格式是否符合期刊的格式？最起码要符合基本格式。上面两个问题如果有一个问题的答案是“NO”,论文也会立马退回，绝大多数期刊的editor都不会让审稿人去浪费时间去审阅明显有上述问题的稿件，这也是对繁忙的审稿人的起码尊重。
第三步：上面1、2条通过后,有些稿源丰富的相对高端期刊（一般而言是高影响因子期刊）还会由作为大同行的编辑对稿件的内容本身，尤其是创新性等方面对稿件进行评估，这个编辑内部初审，对于牛期刊而言也会拒掉许多投稿，这一过程通常比较快，一般两个周甚至一周之内即可搞定。科学网有些博主根据自己的投稿经验说Nature或者其子刊的审稿很快的，只有1-2个周，这实际上是个误解，这些投稿应该没有经过真正意义上的同行评审(peer review)，没有通过编辑内部初审这一关。因为从投稿到同行评审结束这整个过程，1-2个周的时间是不大可能完成的。初审通过的稿件，下面editor要干的活的就是找合适的审稿人（一般是两个，当然也有多达8位的）进行外审，下面审稿过程就是科学网大多数网友比较熟悉的，略去不提。
第四步：两位同行的评审意见（这一过程可能不止一轮）收到后，往下editor要干的活，有时候很容易，比如两位审稿人都建议接受（accept），并且都有很强的理由，论文只需小修甚至无需修改，这种情况下，editor要做的决定是显而易见的。但现实往往并非如此简单，不然是个人都可以干这活了，很多情况下，两个审稿的意见是不一致的，甚至是完全相反的，或者其对稿件的推荐意见并没有很强的证据说明，这种情况下, editor有两种选择：或自己直接做最后决定，或再找一个或更多地审稿人继续审，看是否能有一致的评审意见。如果editor对文章的内容可以说是大同行 (reasonably expert in the subject area of the manuscript)，此时他/她就可以作为第三个审稿人做出自己的判断，editor很可能会如此做，尤其是当其中一个审稿人的意见比另外一个明显更有说服力的时候。当然，第二个选择，即再外审显然需要花更长的时间，但比较弱的编辑往往会如此选择，尤其是对论文的内容自己不熟悉的时候。有些期刊，比如像CNS（Cell、Nature、Science）等牛刊，所收到的稿件要远远大于其所能发表的能力，这些牛刊，一篇文章即使是收到两个”accepts”，文章照样可能被据。当然这种杯具还是相当让人痛苦的，这就像申请基金的标书之结局：“approved but not funded”（批准啦，但是没钱给你）。
第五步：外审结束，editor也做出决定后，此时作者就会收到editor的通知(现在几乎都用email了), 注意：这是editor的最后决定，审稿人或者editorial Board members只对文章是否录用做出推荐意见，最后的决定是、而且一定是由editor(当然这活有时是由associate editor, editor in chief来干的) 做出的，尤其是对于采取匿名审稿方式的期刊，更是如此。
第六步：一般而言，editor的决定由三种类型：“accept’, “reject”, “modify/revise”（当然这个又可分为：小修、大修、大修后重投）。上述决定一般在文章投稿后4-6周内都能搞定（请注意，这个时间不同学科可能有较大差别，对于生物医学领域至少如此，但是对于有些学科如数学、某些工程领域则审稿时间可能比这长的多）。如果您在投稿8周后，还没有收到editor的最后决定（或者解释稿件耽搁的理由），此时，就不要再犹豫，赶快和editor联系。作为作者，我们有权利在合理的时间内(4-6周)知道稿件的命运，或者至少知道论文的进展情况。上述时间问题对于新手而言尤其重要，在丁香园论文版上，几乎每周都有站友问，文章已经投了X(X=个位数)天，还没有消息，是否该问问了。8个周或者说两个月是一个很重要的参考时间。事实上，editor这活，估计永远也满足不了他们的客户(作者)的需要或者说期望值，因为作者对editor的期望／态度往往如一位牛人说的: “I expect the editor to accept all my papers, accept them as they are submitted, and publish them promptly. I also expect him to scrutinize all other papers with the utmost care, especially those of my competitors." 大意是说，editor对我要像“春天般的温暖”，对待我的竞争对手要像“秋风扫落叶一样冷酷无情”。这当然是“mission impossible”。不过还有期望值更猛的网友：希望今天投出稿件，明天就接受发表，后天就被引用无数，大后天就获得诺贝尔奖！这个世界，没有想不到，只有做不到。
