课件的流程设计是整个脚本设计过程中的主要也是最重要的环节。在这个过程中，我们要在前两个环节的基础上，对课件的具体内容和操作进行研究。包括界面的元素与布局，页面的时间长度及切换方式、人机交互方式、色彩的配置、文字信息的呈现、音响效果和解说词的合成，动画和视频的要求以及各个知识节点之间的链接关系等等。
在设计、制作和运用Flash课件时，需要更多地思考学生的主体地位如何体现，从而改变了原来以教师为主的教学观念，更注重为学生创设良好的学习情境，引导学生主动发现、主动探究。脚本的内容主要包括两个部分：第一部分是教学的内容，即课堂教学中需要通过课件来呈现的教学信息；第二部分是各种媒体的表现形式，即文字、声音、录像、图片等在时间上出现的先后次序、方式方法等。不同的写作格式，在脚本内容的呈现上也有所不同。
精品课件的制作和运用较一般意义上的教案准备所花费的成本高，主要表现为教学课件研发和使用方面需较多的时间和一定的配套设施和设备方面。因此，教学课件的研发和使用应考虑成本。其次，还应避免将无须教学课件展示和辅助讲解的简单问题进行复杂表述。经济效益、教学效果的最佳结合点是教学课件制作和应用所需遵循的原则之一。由此，建立行之有效的教学课件评价审核反馈体系，是规范教学课件的制作和运用，实现教学过程优化，降低教学成本的保障。
做课件要从分析用户的需求开始．确立设计的基本目的．如果该课件用于推广开发．则需再进行市场凋盎。多媒体信息的种类、表现手法．要达到的各阶段目标、实现手段和步骤。其中包括软件使用对象的应用水平、用户要求、软件实现的功能和界面．项目依据的信息．信息量b信息流程，信息使用频率等内容．以及相关的多媒体图文声像要求。这个目标不能定得太高．要与当前的技术水平、所配设备的性能相匹配。
